Latar belakang berdirinya PP An-Nur sedikit unik, karena pada saat itu sekitar tahun 80-an Abah dari Gus Faqih masih berada di Pondok Pesantren. Dan Abah dari Gus Faqih pulang karena bapaknya meninggal dan kala itu mau tidak mau Abah dari Gus Faqih harus meneruskan menjadi pengasuh Pondok An-Nur. Kala itu Pondok An-Nur belum berbentuk Pesantren melainkan hanya sebuah bangunan kecil seperti rumah. Kala itu 10 orang santri ingin belajar agama dan menginap, karena kasihan akan santri yang tidur di emperan, maka dibangunlah banyak bangunan sebagai tempat istirahat santri yang kemudian lama-kelamaan menjadi sebuah Pondok Pesantren.
Kemudian diberi nama Pondok Pesantren An-Nur karena pendiri memiliki tujuan agar Pondok An-Nur mampu menjadi penerang dalam kegelapan. Seperti pada zaman Rasullullah, Desa Candirejo dulunya juga merupakan desa yang penuh dengan kegelapan. Mulanya Desa Candirejo bernama Candi Asu yang mana masyarakatnyapun berperilaku seperti asu atau anjing. Dengan berdirinya Pondok An-Nur ini masyarakat berubah dari kegelapan dan mulai menjalankan syari’at islam dan dari situlah desa Candi Asu berubah nama menjadi desa Candirejo. Karena Pondok An-Nur ingin menjadi Rahmatan Lil Alamin bagi masyaraknya,
Adapun strategi yang diterapkan Pondok An-Nur dalam menerapkan konsep Rahmatan Lil Alamin kepada masyarakatnya baik masyarakat muslim maupun non muslim adalah :
Sesuai dengan ide dan kemampuan masing-masing yang tentunya tujuannya hanya kepada allah
Tasawuf : bagaimana cara orang-orang terlebih non-islam itu nyaman dan tenang terhadap kita. Karena ketika seseorang sudah nyaman dan senang dengan kita maka akan nambah dengan artian akan semakin penasaran terhadap segala hal yang kemudian bisa dijadikan cara untuk menjadikannya masuk islam.
Tidak memandang apapun latar belakangnya. Siapapun orangnya yang penting masih sama-sama manusia maka akan tetap di ajari
Metode santri loreng (larahan orang-orang yang tercoreng) yang mana itu adalah sebuah kumpulan para pemuda yang dipandang sebelah mata dan kemudian di rangkul di ajari menjadi lebih baik.
Setelah meninggalnya Abah dari Gus Faqih kepemimpinan pondok An-Nur diteruskan oleh Gus Ali Munabah sampai sekarang. Dan untuk bagian kesantrian dipegang oleh Gus Faqih Adullah. Kepengurusan dipegang oleh mahasiswa semester akhir yang mana setiap tahunnya mengalami pergantian struktur.
Pondok An-Nur sangat menekankan pendidikan yang meningkatkan kekuatan mental, yaitu dengan mengirimkan para santrinya ke desa-desa untuk berjuang di sana menyebarkan agama islam. Santri dari Pondok An-Nur seringkali dikirimkan untuk mengisi sebuah kajian, khutbah dan lain sebagainya. Hal itu diperuntukkan agar para santri benar-benar bisa menjadi Rahmatan Lil Alamin bagi masyarakatnya.